1.中華民國八十八年十二月三十一日金門縣政府（88）府祕字第 88057450 號令訂定發布
2.中華民國八十九年五月二十三日金門縣政府（89）府祕字第 89122544號令修正發布全文 11 條；並自八十九年一月一日起施行
3.中華民國九十三年六月二十五日金門縣政府府秘法字第 0930027023-0 號令修正發布名稱及全文 10 條；並自九十三年二月二十一日施行（原名稱：福建省金門縣稅捐稽徵處組織規程）
4.中華民國一百零二年八月十三日金門縣政府府行法字第 10200656630號令修正發布名稱及全文 10 條；並自中華民國一百零二年一月二十日施行（原 名稱：金門縣稅捐稽徵處組織規程）
5.中華民國105年9月12日府行法字第10500716530號令修正發布
6.中華民國107年8月14日府行法字第10700669860號令修正發布編制表，並定自中華民國一百零七年七月十六日施行
7.中華民國107年12月27日府行法字第10701096740號令修正發布第二條、第四條、第十條及金門縣稅務局編制表
8.中華民國 113 年 3 月 21 日金門縣政府府行法字第 1130024742 號令修正發布全文及編制表，並自中華民國 113 年 6 月 1 日施行