1.中華民國八十八年十二月三十一日金門縣政府（88）政祕字第 880574178 號令訂定發布全文 10 條；並自八十九年一月一日起施行
2.中華民國九十三年六月二十五日金門縣政府府秘法字第 0930027021-0 號令修正發布名稱及全文 10 條；並自九十三年二月二十一日施行（原名稱：福建省金門縣環境保護局組織規程）
3.中華民國一百零二年八月十三日金門縣政府府行法字第 10200656560 號令修正發布全文 10 條及編制表；並自中華民國一百零二年十月一日施行
4.中華民國107年8月14日以府行法字第10700669800號令修正發布，並定自中華民國一百零七年七月十六日施行
5.中華民國 113 年 4 月 16 日金門縣政府府行法字第 1130032997 號令修正發布第三條、第五條、第七條 之一及編制表；並自中華民國 113 年 6 月 1 日施行