1.中華民國八十八年十二月二十三日金門縣政府（88）府祕字第 88055890 號令制定公布全文 20 條；並自八十九年一月一日起施行
2.中華民國九十三年二月十九日金門縣政府府秘法字第0930007693-0 號令修正公布名稱及全文 21 條；並自公布日施行（原名稱：福建省金門縣政府組織自治條例）
3.中華民國一百零二年一月十八日金門縣政府府行法字第10200068370 號令修正公布全文 21 條；並自公布日施行
4.中華民國一百零二年五月十六日金門縣政府府行法字第10200388800 號令修正編制表，自一百零二年一月二十日生效
5.中華民國103年12月31日金門縣政府府行法字第10301086040號令修正編制表，自104年1月1日生效
6.中華民國107年8月14日金門縣政府府行法字第10700668190號令修正編制表，自107年7月16日生效
7.中華民國107年10月17日金門縣政府府行法字第10700859760號令修正編制表，自107年10月12日生效
8.中華民國108年6月12日金門縣政府府行法字第10800492590號令修正條文暨編制表，自107年12月7日生效
9.中華民國108年12月11日金門縣政府府行法字第10801071900號令修正編制表，自109年1月20日生效
10.中華民國113年9月26日金門縣政府府行法字第1130087185號令修正部分條文暨編制表，自114年1月16日施行