1.中華民國八十八年十二月三十一日金門縣政府（88）府祕字第 88057447 號訂定發布
2.中華民國八十九年五月十八日金門縣政府（89）府祕字第 8921843 號令修正發布全文 11 條；並自八十九年一月一的起施行
3.中華民國九十年八月二十日金門縣政府（89）府祕字第 9031575 號令修正發布全文 11 條；並自八十九年一月一日施行
4.中華民國九十三年六月二十五日金門縣政府府秘法字第 0930027020-0 號令修正發布名稱及全文 10 條；並自發布日施行（原名稱：福建省金門縣衛生局組織規程）
5.中華民國一百零二年八月十三日金門縣政府府行法字第 10200656540 號令修正發布全文 10 條及編制表；並自中華民國一百零二年十月一日施行
6.中華民國107年8月14日以府行法字第10700669660號令修正發布，並定自中華民國一百零七年七月十六日施行
7.中華民國107年8月14日以府行法字第10700942930號令修正發布編制表，自中華民國一百零七年七月十六日施行，並同時註銷本府中華民國一百零七年八月十四日府行法字第10700669660號發布令。
8.中華民國108年12月11日金門縣政府府行法字第10801071810號令修正發布第3條、第4條及編制表；並自中華民國109年1月20日施行
9.中華民國 113 年 3 月 21 日金門縣政府府行法字第 1130024738 號令修正發布第 4 條、第6條之1及編制表；並自中華民國113年6月1日施行